DNJ-02との戦いに勝利したものの、波動砲の使用によって燃料切れを起こしたアイはメグミの目の前でサイボーグ兵にさらわれてしまった。大日本重工専務・甲本の手によって体をバラバラに分解されてしまうアイ。そして彼女はコンピュータウィルスを受け記憶を失ってしまう。一方、アイを救出したいメグミはマシンキットを背負い、単独で大日本重工へ向かうのだが、そこに立ちはだかるDNJ-03とDNJ-04の前に撃沈。捕らわれ、甲本によって陰湿な拷問を受けるのだった。苦しみに耐えるメグミの前に現れたのは、なんと洗脳されたアイであった。二人の友情は非道な大人の手によって引き裂かれてしまうのか？超破天荒サイボーグ戦争ついに最終決戦へ突入！！！！！！！